Vanderbilt ultra-Soft Pseudopotential site-ului
Acesta este site-ul principal pentru distribuția de `` U ltra S des P seudo P '' otential ( USPP cod generatie) de la grupul lui David Vanderbilt de la Universitatea Rutgers.
Traduceri: România (datorită azoft ), germana (datorită Anastasiya Romanova), și sârbo-croată (datorită Geeks web )
Cuprins
Navigare și descărcare Pachetul USPP
Pentru a lua o privire mai întâi la acest pachet și să vă familiarizați cu conținutul său, puteți naviga cea mai recentă versiune în forma unui arbore de directoare
Cu toate acestea, pentru a utiliza pachetul, ar trebui să descărcați-l așa cum este descris mai jos .
Sursele FORTRAN pentru generarea pseudopotential
Acest cod este gratuit distribuit sub termenii licenței publice GNU GPL. Puteți folosi pentru scopuri de cercetare proprii, sau să-l dați altor persoane pentru scopuri similare. Cu toate acestea, rețineți următoarele restricții:
- Codul nu este garantat a fi bug-free.
- Calitatea pseudopotentials generate de fișierele de intrare furnizate nu este garantată.
- Nu se acordă sprijin activ este oferit pentru acest pachet.
Sursele Fortran din pachetul USPP începe cu Release 7.3.3 (uspp-733). Versiunile anterioare au fost distribuite la cerere, e-mail numai, ultimul dintre acestea a fost "a7.3.2". În ceea ce privește sursele de Fortran sunt în cauză, uspp-733 este, în esență echivalent funcțional la a7.3.2 (doar foarte remedieri și îmbunătățiri minore cosmetice au fost făcute în trecerea de la a7.3.2 la uspp-733).
Principalele modificări care merge de la a7.3.2 la uspp-733 sunt o renovare majoră a structurii de directoare, fisierele de, și documentația, precum și adăugarea unei biblioteci de pseudopotentials contribuit.
A se vedea Sursa / README pentru un rezumat al îmbunătățirilor care au fost aduse codurilor sursă de la o versiune la alta, inclusiv cele care duce până la cea mai recentă uspp-736. Informațiile cele mai detaliate despre istoria de presă pot fi găsite în comentariile header care alcătuiesc primul câteva sute de linii de runatom.f programul principal.
Biblioteca de pseudopotentials
Această distribuție conține o bibliotecă de pseudopotentials care au fost generate de membri ai grupului Vanderbilt sau au contribuit de membri ai comunității de utilizatori mai larg. Starea actuală a bibliotecii este rezumate după cum urmează.
| UltraSoft Pseudopotentials |
|
|
|
|
 |
Disponibil |
 |
|
|
|
 |
Nu este disponibil |
|
|
|
|
|
|
|
|
 |
 |
 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
|
Dacă faceți clic pe un element vă va duce la o vizualizare director-arbore din conținutul bibliotecii pentru acel atom.
Rețineți că ceea ce este postat nu este fișier de date pseudopotential în sine, ci de intrare fișierele necesare pentru a genera pseudopotential. Astfel, pentru a obține măcar un fișier de date pseudopotential, va trebui să descărcați și să instalați pachetul și rulați procedura de generație, pentru atomul de interes. Cu toate acestea, pachetul a fost proiectat în așa fel încât acest lucru este ușor de făcut.
Disclaimer: The pseudopotentials care au fost contribuit la această bibliotecă sunt furnizate fără nici o garanție, explicită sau implicită, cu privire la calitatea acestora sau de transfer. Utilizatorii trebuie să accepte responsabilitatea pentru testarea potențialului în mod corespunzător înainte de a le utiliza în aplicații.
Biblioteca ia forma unui copac director descendent de la principalul "de lucru" directorul. Pentru a răsfoi conținutul actuale ale bibliotecii, răsfoiți directorul de lucru în mod direct sau prin intermediul navigare prin tabel HTML de mai sus. Subdirectoarele cel mai înalt nivel au nume, cum ar fi "022-Ti" Simbolul indicând numărul atomic și chimic al atomului în cauză. De nivel inferior subdirectoarele urmeze o structură de denumire rezumate în Muncă / README fișier.
Pentru a genera potentiale, a se vedea instrucțiunile de la AA-QUICK START- . Ideea de bază este de a merge la subdirectoare pentru toți atomii care vă interesează și rula secvența recomandată de "a face" comenzi ("marcă, make install, face curat"). Acest lucru se va încărca un fișier pseudopotential și un fișier readme in Ghiveci / directorul, care va deveni activ biblioteca de potentiale.
Contribuții la bibliotecă
Utilizatorii sunt încurajați să-și prezinte fișierele lor de intrare pentru a extinde biblioteca noastră de potențialele disponibile. Vezi AA-ARGUMENTELE pentru mai multe informații despre cum se face acest lucru. Rețineți că numărul de versiune (în prezent 7.3.6) nu se va schimba doar din cauza completări la biblioteca de fișiere de intrare. Verificați data Last-Modified în Muncă directorul pentru a vedea dacă aveți cea mai recentă versiune a bibliotecii.
Mulțumiri speciale se datorează Centrul pentru Atomic scară Fizica Materialelor (CAMP), de la Universitatea Tehnică din Danemarca, și, în special, pentru a Lars Hansen Bruno , pentru furnizarea de amabilitate pseudopotentials corespunzătoare la multe dintre cele din Biblioteca DACAPO care este distribuit ca parte a DACAPO pachetului de software open CAMP (CAMPOS) de proiect. Biblioteca DACAPO este format din fisiere de date binare pseudopotential generate utilizând o versiune anterioară (a7.0.0) din Codul generație. Ei au fost acum reambalat să fie în deplină concordanță cu schema de currect și verificate pentru compatibilitatea cu o versiune mai recentă (uspp-736) din codul înainte de a fi instalat aici . Aceste pseduopotentials au fost destul de bine testate; rezumate ale testelor pot fi găsite în fișierele README aici, și mai multe detalii si informatii grafice pot fi găsite la site-ul de la CAMPOS . (În prezent, în decembrie 2002, potentialele sunt în mare parte generate cu PW91 GGA de schimb-corelare, dar versiunile LDA sperăm că va fi în curând viitor.)
Descărcări
Fiecare dintre link-urile de mai jos indică o arhivă gudronată-si-comprimate cu gzip a distribuției, enumerate în ordine cronologică inversă. Prima parte a numelui (de exemplu, "uspp-736") se referă la eliberarea surselor de FORTRAN in Bin / directorul. Ultima cifră (de exemplu, "-0") se referă la secvența de update-uri la astfel de lucruri, ca biblioteca pseudopotentials, documentația, sau fisierele de.
Pe cele mai multe sisteme Unix, puteți despacheta arhiva de a face ceva de genul
gunzip uspp-736-0.tgz tar xf uspp-736-0.tar rm uspp-736-0.tar
Noțiuni de bază
Dacă doriți doar pentru a genera una sau mai multe dintre pseudopotentials care sunt deja incluse în bibliotecă, ar trebui să găsiți cele mai multe dintre informațiile de care aveți nevoie în AA-QUICK START- , care explică modul în care pentru a compila și executa programul pentru a genera pseudopotential de la fișierele de bibliotecă de parametri.
Dacă sunteți mai ambițioase și ar dori să modifica o pseudopotential existent sau generarea unui unul complet nou, a se vedea Doc / TUTORIAL .
Rețineți că, în mod implicit, pseudopotential este generat ca un fișier de date neformatate binare așa cum este descris în Doc / FORMAT . Dacă este necesar, acesta poate fi convertit la forma formatat utilizând programul utilitar reform.f în directorul Utils.
Documentație
Următoarele fișiere pot fi de ajutor în obținerea orientat:
- AA-QUICK START- : direcții de scurtă durată pentru compilarea și rularea programului pentru a genera potențiale în bibliotecă.
- Doc / TUTORIAL : Dacă doriți pentru a genera o nouă pseudopotential de propria dvs., acesta este locul să se uite. Aceasta poate ajuta, de asemenea, să evaluați calitatea unui potențial existent în bibliotecă prin acordarea unor sfaturi cu privire la ce să caute în fișierul de ieșire.
- Doc / INPUT_AE : Descrierea structurii fisierului de intrare pentru toate preliminare-electroni ruleaza.
- Doc / INPUT_GEN : Descrierea structurii fisierului de intrare pentru tiraje generație pseudopotential.
- Doc / FORMAT : Descrierea structurii de fișiere de ieșire și direcții pentru conversia la forma formatat.
- Utils / read_uspp.f : Programul de probă care dau rezumat concis al structurii de fișiere pseudopotential.
- Sursa / runatom.f : Acesta este principalul program de Fortran. Există unele documente interne în codul sursă.
Bibliografia de pe pseudopotentials UltraSoft acestea sunt în primul rând:
- David Vanderbilt, `` Soft auto-consistente Pseudopotentials într-un formalism Eigenvalue generalizate,'' Phys. Rev B 41 (Rapid Communications), 7892 (1990). ( jurnal copie , copie locală )
- Kari Laasonen, Roberto auto, Changyol Lee, și David Vanderbilt, Punerea în aplicare `` de ultra-Soft Pseudopotentials în ab-initio dinamica moleculara,'' fiz. Rev B 43 (Rapid Communications), 6796 (1991). ( jurnal copie , copie locală )
- Kari Laasonen, Alfredo Pasquarello, Changyol Lee, Roberto auto, și David Vanderbilt, ``-car Parrinello dinamica moleculara cu Vanderbilt UltraSoft Pseudopotentials,'' Fiz. Rev B 47 , 10142 (1993). ( jurnal copie , copie locală )
Ghid de comunitate
Sunt conștient de următoarele coduri open-source, care pot face uz de pseudopotentials UltraSoft generate de acest pachet:
- DACAPO .DACAPO este o parte din CAMP software open (CAMPOS) proiect al Centrului pentru Atomic-scară pentru Fizica Materialelor (CAMP), de la Universitatea Tehnică din Danemarca. Acesta este un program de totală de energie bazată pe teoria densității funcționale folosind o bază de plan de undă și Vanderbilt UltraSoft pseudopotentials. Programul efectuează auto-consistente, atât pentru calculele Apropierea Densitate locală (LDA) și armonizarea diverse Gradient generalizat (GGA) schimb corelări potentiale. Se pot efectua dinamicii moleculare și structurale și de destindere pot fi compilate pentru seriel, precum și execuția în paralel pe mai multe platforme hardware.Livrare DACAPO conține o bibliotecă de pseudopotentials UltraSoft care acoperă cea mai mare parte din tabelul periodic, generate folosind o versiune anterioară a acestui pachet a7.0.0. Cu toate acestea, Biblioteca DACAPO se concentrează pe furnizarea de pseudopotentials înșiși în formă binară, mai degrabă decât fișierele de generare de intrare. Acestea din urmă sunt acum furnizate aici pentru mai multe elemente în bibliotecă DACAPO. Pentru mai multe informații, a se vedea mai sus .
- PWSCF .PWSCF (Plan-Wave auto-consistente câmp) este un set de programe pentru calcule de structură electronice în cadrul densitate-funcțional teorie și densitate-funcțional teoriei perturbatiilor, folosind un set de avion val de bază. Autorii primare sunt S. Baroni, S. de Gironcoli, A. Dal Corso, și P. Giannozzi.Aceasta susține mai multe arome ale normei de conservare a pseudopotentials și două arome ale celor UltraSoft (a se vedea aici ; "VDB" indică compatibilitatea cu pachetul de față, în timp ce "RRKJ3" este un format diferit). În timp ce versiunile anterioare ale acestui pachet de cod a avut unele limitari cu privire la ce caracteristici ar putea fi folosite cu UltraSoft potentiale, aceste limitări au fost eliminate în mare parte în prezent, excepție fiind că această calcule de ordinul trei derivate sunt încă incompatibile cu potentiale UltraSoft.
- JDFTx .JDFTx este un cod de avion val de densitate funcțională de punere în aplicare teoria densitatea comună funcțională [SA Petrosyan, AA Rigos și TA Arias, J Phys Chem B. 109 , 15436 (2005)], care oferă un cadru adecvat în special pentru calcule ab initio, în contexte electrochimice , de exemplu, sisteme electronice, în contact cu medii lichide.
Rutine de conversie au fost dezvoltate pentru:
- ABINIT .Abinit a fost revizuit să pună în aplicare Proiectat Augmented Wave (OD) descrieri ale atomilor (care pot, aproximativ vorbind, să fie considerată ca "pseudopotentials"). Un modul numit "USpp2Abinit" permite construirea unui potențial PAW de la un pseudopotential UltraSoft de pornire generat de codul USPP. Versiunile Abinit 4.2.1 și mai mare va avea această caracteristică. Pentru mai multe informații, consultați
În plus, următoarele pachete de proprietate sunt, de asemenea, compatibile:
- CPMD .Codul CPMD este o implementare plan-val pseudopotential de densitate-funcționale teorie, special concepute pentru ab-initio dinamicii moleculare. Prima versiune a fost dezvoltat de Jurg Hutter la IBM din Zurich Laboratorul de Cercetare pornind de la originale auto-Parrinello coduri. Versiunea curentă este 3.5 drepturi de autor în comun de către IBM Corp si de catre Institutul Max Planck, Stuttgart, și este distribuit gratuit responsabil pentru organizații non-profit. Am sprijină atât pseudopotentials norma-conservare și UltraSoft.
- CASTEP .Software-ul comercial disponibil de la urile Accelrys (Simulările anterior moleculara Inc). O de uz general-conjugat gradientul plan-val pseudopotential cod. Include biblioteca proprie de uspp-73X-compatibile pseudopotentials UltraSoft.
- Vârf.Cuspid (Conjugat-gradientul UltraSoft Pseudopotential) Pachetul a fost dezvoltat în grupul de D. Vanderbilt la începutul anilor 1990 și a fost folosit de-a lungul ani de unii membri ai grupului Vanderbilt și de către mai mulți colaboratori. Acesta este un program de totala de energie si forta specializat pentru utilizarea eficientă a UltraSoft pseudopotentials și pentru aplicarea pe izolatori. Versiunea curentă cea mai recentă general este cusp5.6.1. Contactați [email protected] pentru mai multe detalii sau pentru a solicita informații despre acces.
- CP.Acest cod este utilizat în prezent de către grupul de mașini R. de la Universitatea Princeton. În plus față de norma-conservarea pseudopotentials, sprijină potențialul UltraSoft generate de pachetul de prezenta, sau cele ale "RRKJ3" forma menționate în legătură cu PWSCF de mai sus. Acesta poate fi descărcat de la http://www.democritos.it/scientific.php .
Un alt cod de bine-cunoscut de proprietate care utilizează UltraSoft potențialele este pachetul VASP . Cu toate acestea, VASP folosește UltraSoft potentiale generate utilizând un sistem oarecum diferit de cel implementat aici. Astfel, pseudopotentials luate de la biblioteca distribuit ca parte a VASP nu pot fi importate în pachete de cod de mai sus, și vice-versa.
Arhiva de versiunile anterioare
O arhivă de versiunile anterioare ale pachetului uspp este disponibil aici. Acest lucru ar putea fi posibil utilă în soluționarea problemelor de compatibilitate asociate cu potentiale generate cu versiunile anterioare ale codului.
Feedback
Vă rugăm să trimiteți comentariile și sugestiile de îmbunătățire a [email protected] .
Mulțumiri și Termeni
Această pagină web se bazează în parte pe munca sustinuta de US National Science Foundation sub Granturi nr 9981193 și 0233925. Orice opinii, constatări și concluzii, recomandări sau exprimate în acest material sunt cele ale autorului și nu reflectă neapărat punctul de vedere al National Science Foundation.
Inițial, la http://www.physics.rutgers.edu/~dhv/uspp/
La pagina principală
|